Mục tiêu chung của Chương trình là bảo tồn, bảo vệ, tái tạo nguồn lợi thủy sản nhằm phục hồi và sử dụng hợp lý, hiệu quả nguồn lợi thủy sản và các hệ sinh thái thủy sinh; gắn hoạt động tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, quản lý nguồn lợi thuỷ sản với hoạt động khai thác thủy sản bền vững, chống khai thác IUU.

Nâng cao nhận thức của cộng đồng và xã hội về bảo tồn, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản góp phần phát triển thủy sản bền vững, giữ gìn tính đa dạng sinh học, giá trị tài nguyên sinh vật của Việt Nam; chủ động ứng phó có hiệu quả với biến đổi khí hậu và nước biển dâng; thúc đẩy tăng trưởng xanh, nâng cao đời sống và sinh kế cho người dân, bảo đảm quốc phòng, an ninh, chủ quyền quốc gia.

100% các hồ tự nhiên, hồ chứa lớn được điều tra, đánh giá nguồn lợi và môi trường sống của loài thủy sản

Mục tiêu cụ thể đến năm 2030 hoàn thành kế hoạch điều tra, đánh giá đa dạng sinh học, nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của các loài thuỷ sản ở biển Việt Nam bao gồm cả vùng biển sâu, các bãi cạn, gò đồi ngầm theo Luật Thuỷ sản; điều tra, đánh giá nghề cá thương phẩm hằng năm tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương ven biển.

100% các hồ tự nhiên, hồ chứa lớn và hệ thống sông chính được điều tra, đánh giá nguồn lợi và môi trường sống của loài thủy sản.Trữ lượng nguồn lợi thủy sản ở biển phục hồi, tăng trên 5% so với kết quả điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản giai đoạn 2016 - 2020.

100% các khu bảo tồn biển, khu vực cư trú nhân tạo cho loài thủy sản ở biển theo Quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thuỷ sản được hình thành, quản lý và hoạt động theo quy định của pháp luật thủy sản.

10% số lượng loài thủy sản trong Danh mục loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm được sinh sản nhân tạo, ương nuôi thành công; 20% số lượng loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm được lập hồ sơ, giám sát, đánh giá.

100% các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương tổ chức hoạt động thả tái tạo nguồn lợi thủy sản vào vùng nước tự nhiên hàng năm; 60% các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thực hiện đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản gắn với xây dựng nông thôn mới, phát triển du lịch sinh thái.

Hệ thống cơ sở dữ liệu thành phần về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản thuộc cơ sở dữ liệu quốc gia về thủy sản được nâng cấp, tích hợp, liên thông giữa cơ quan quản lý cấp trung ương và địa phương theo hướng đồng bộ, thống nhất, phục vụ công tác quản lý. 

Để đạt được các mục tiêu trên, Chương trình đề ra các giải pháp: Hoàn thiện cơ chế, chính sách; tuyên truyền, nâng cao nhận thức về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản; nâng cao năng lực quản lý và phát triển nguồn nhân lực trong bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản; triển khai thực hiện đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản; khoa học công nghệ và hợp tác quốc tế.

Hoàn thiện các quy định về quản lý, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản

Trong đó, về hoàn thiện cơ chế, chính sách: Sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện các quy định pháp luật về quản lý, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản.

Hoàn thiện và tổ chức thực hiện chính sách chuyển đổi nghề, đa dạng hoá sinh kế cho cộng đồng dân cư sống trong và xung quanh khu bảo tồn biển, cộng đồng ngư dân khai thác thuỷ sản tại vùng biển ven bờ; chính sách hỗ trợ ngư dân trong thời gian cấm khai thác thủy sản; chính sách hỗ trợ chuyển đổi nghề khai thác thuỷ sản ảnh hưởng lớn đến nguồn lợi thuỷ sản, môi trường, hệ sinh thái sang các nghề khai thác thuỷ sản thân thiện với môi trường hoặc chuyển ra ngoài lĩnh vực khai thác thủy sản.

Xây dựng và ban hành các cơ chế, chính sách huy động và sử dụng có hiệu quả nguồn lực trong nước và ngoài nước trong công tác bảo tồn, bảo vệ, tái tạo và phát triển nguồn lợi thuỷ sản, phục hồi các hệ sinh thái thuỷ sinh; hỗ trợ thực hiện đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản; cơ chế phối hợp hiệu quả giữa các lực lượng chức năng (kiểm ngư, thanh tra chuyên ngành thủy sản, kiểm lâm, bộ đội biên phòng, cảnh sát biển, cảnh sát giao thông đường thủy, cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường, công an địa phương) để thực hiện tốt công tác kiểm tra, kiểm soát, phát hiện và xử lý hành vi vi phạm pháp luật trong các hoạt động thủy sản trên biển và trong vùng nội địa.

Rà soát, xây dựng bổ sung, ban hành quy trình và định mức kinh tế kỹ thuật trong: điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản; quan trắc, giám sát biến động môi trường, nguồn lợi thủy sản và đa dạng sinh học; lưu giữ giống gốc các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm; trồng phục hồi san hô, cỏ biển; thả rạn nhân tạo làm nơi cư trú cho các loài thủy sản.

Xây dựng bộ chỉ số và tài liệu hướng dẫn đánh giá hoạt động tái tạo nguồn lợi thủy sản và phục hồi hệ sinh thái và môi trường sống của loài thủy sản.

Nâng cao năng lực quản lý, phát triển nguồn nhân lực trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản

Kiện toàn hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về thuỷ sản, lực lượng kiểm ngư từ trung ương đến địa phương, thanh tra chuyên ngành đảm bảo hiện đại, đồng bộ; xây dựng đội ngũ cán bộ có năng lực chuyên môn cao; thành lập lực lượng kiểm ngư địa phương theo quy định của Luật Thủy sản 2017; bố trí lực lượng kiểm ngư tại các khu bảo tồn biển nhằm thực hiện hiệu quả công tác bảo tồn đa dạng sinh học biển, quản lý nguồn lợi thuỷ sản.

Nâng cao hiệu quả cơ chế phối hợp giữa các lực lượng chức năng (thanh tra chuyên ngành thủy sản, kiểm lâm, kiểm ngư, hải quân, cảnh sát biển, cảnh sát giao thông đường thủy, bộ đội biên phòng, công an địa phương...) trong công tác thực thi pháp luật về khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.

Tổ chức các khóa đào tạo, tập huấn cho đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức làm công tác bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản từ trung ương đến địa phương; kiện toàn, nâng cao năng lực hệ thống thanh tra, kiểm tra, giám sát các hoạt động liên quan đến bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản.

Thu hút nguồn lực quốc tế trong hợp tác, chia sẻ kinh nghiệm, đào tạo phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản.