Tính đến chiều ngày 6.10, các bệnh viện tuyến tỉnh, trung tâm y tế huyện, trạm y tế xã đã phân công cán bộ y tế trực 24/24, chuẩn bị đầy đủ cơ số thuốc, hóa chất, phương tiện, trang thiết bị phục vụ. Trong đợt này, Trung tâm Y tế dự phòng đã cấp 120 cơ số thuốc phòng chống bão lụt cho các huyện. Ngày 6.10, Trung tâm tiếp tục cấp cho 6 huyện, thị xã, thành phố (Quy Nhơn, An Nhơn, Phù Cát, Phù Mỹ, Hoài Nhơn, Tuy Phước) mỗi địa phương 100.000 viên Chloramin B, 5 huyện miền núi và trung du mỗi huyện 50.000 viên Chloramin B. Bộ Y tế hỗ trợ cho ngành Y tế tỉnh 20 cơ số thuốc, 100 áo phao, 1 triệu viên Chloramin B.

Các bệnh viện tuyến huyện đã tổ chức di dời bệnh nhân điều trị tại các khoa phòng chưa đảm bảo đến các vị trí an toàn trong bệnh viện; kho thuốc và các trang thiệt bị máy móc tại bệnh viện đều đã được kê gác lên cao và bảo vệ an toàn để đảm bảo công tác chăm sóc phục vụ bệnh nhân đang điều trị tại bệnh viện.