Tuy nhiên, đầu những năm 90 của thế kỷ trước phong trào nuôi tôm tự phát triển khá mạnh, đây cũng chính là nguyên nhân khiến RNM bị xóa sổ, thay vào đó là những ao hồ nuôi trồng thủy sản. Sau một thời gian nuôi tôm ồ ạt môi trường ô nhiễm, dẫn đến hệ sinh thái bị suy kiệt, dịch bệnh bệnh tôm ngày càng lan rộng, khiến nhiều gia đình trắng tay, nợ nần chồng chất. Lúc này, những ai nuôi tôm mới thật sự nhận ra tác hại phá RNM và được sự giúp đỡ của cơ quan chức năng nên từng bước trồng lại RNM khôi phục lại hệ sinh thái, nuôi tôm thân thiện với môi trường, là hướng đi thích hợp cho nuôi trồng thủy sản bền vững.

Năm 2004, Dự án “Phục hồi sinh thái và khai thác, sử dụng hợp lý nguồn lợi vùng Cồn Chim – đầm Thị Nại” (gọi tắt là dự án Cồn Chim) được triển khai. Mục tiêu của dự án là thiết lập, phục hồi hệ sinh thái, bảo tồn nguồn lợi ở khu vực Cồn Chim và bảo đảm việc khai thác hợp lý để duy trì nguồn lợi thủy sản trong đầm, tái tạo nguồn lợi thủy sản, xử lý ô nhiễm và tạo cảnh quan môi trường cho toàn khu khu vực đầm.

Theo báo cáo của Phòng Nông nghiệp – PTNT huyện Tuy Phước, công tác trồn RNM phân tán trên các ao, hồ nuôi tôm được huyện triển khai năm 2005, huyện đã tổ chức nhiều lớp tập huấn chuyển giao kỹ thuật trồng và chăm sóc RNM cho cả nghìn lượt hộ nông dân ở 4 xã ven đầm, gồm: Phước Thuận, Phước Sơn, Phước Hòa và Phước Thắng, 2 năm 2005-2006 huyện cũng được tổ chức ACTMANG Nhật hổ trợ 10 tấn giống đước trồng trên diện tích 5 ha rừng tập trung và trồng phân tán ở các ao hồ, đến nay số cây đước đã đơm hoa kết trái, chống xói lở bảo vệ cho các ao, hồ nuôi trồng thủy sản phù hợp với nuôi tôm thân thiện với môi trường. Ngoài ra, hàng năm huyện đều trích ngân sách mua giống đước cấp miễn phí để bà con trồng RNM phân tán, nhờ vậy đến nay đã có trên 500 ha ao, hồ nuôi thủy sản được trồng RNM phân tán. Hiện nay, dưới tán rừng bà con nuôi tôm xen các loài thủy sản khác mang lại thu nhập khá.

Ngày 19/9/2012, Phó Thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải đã ký văn bản số 1443/TTg-QHQT phê duyệt danh mục dự án ưu tiên thuộc Chương trình SP-RCC. Tỉnh Bình Định có 1 dự án tham gia Chương trình là: Nâng cấp hệ thống đê và trồng rừng ngập mặn để ứng phó với biến đổi khí hậu vùng đầm Thị Nại.

Theo quy hoạch trồng RNM giai đoạn 2010-2020 đã được UBND tỉnh phê duyệt, huyện Tuy Phước sẽ trồng 149,6 ha RNM (xã Phước Sơn 76,4 ha, xã Phước Thuận 73,2 ha) với các giống đước, mắm trắng, bần trắng… nguồn vốn đầu tư trồng RNM hơn 8 tỉ đồng, trong đó vốn hổ trợ từ ngân sách nhà nước, vốn chương trình dự án và huy động từ các nguồn khác.